Voo MS778, um Boeing 777-300, tinha deixado para o Cairo em 13:22 (1322 GMT), após uma busca durante toda a noite enquanto os passageiros foram colocados em um hotel, o porta-voz.
O avião de Londres Heathrow desembarcaram em 08:39 (1839 GMT) sexta-feira no Aeroporto Internacional de Atenas e foi evacuado, enquanto agentes de segurança procurou a aeronave, disse ela.
O alerta aconteceu em meio a violentos distúrbios ocorridos no Egito, onde confrontos entre forças de segurança e manifestantes pedindo o fim do regime do presidente Hosni Mubarak mataram dezenas.